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Réseau PYLan - soutien à Folding@home

The research is going on !

Cette page est consacrée à mes activités en rapport avec le projet de calcul distribué Folding@home.


Présentation des projets

[Linux]_PYLan

Folding@home

Folding@home est un projet de calcul distribué lancé par l'université de Stanford aux Etats-Unis par le professeur Vijay S. Pande. Son but est de mieux comprendre le repliement (folding) des protéines. En effet, de nombreuses maladies telles que le cancer et celle d'Alzheimer sont liées à une mauvaise organisation spatiale des molécules.

La solution proposée est de se servir de la puissance inutilisée des processeurs d'ordinateurs de particuliers pour réaliser les calculs de simulation du repliement de protéines.

Ressources externes sur Folding@home :

PYLan

PYLan est le nom de mon réseau local privé (LAN : Local Area Network) dont les ordinateurs travaillent pour le projet Folding@home.

Ses 2 ordinateurs ont pour l'instant traité 15248 unités de travail et récolté 60017029 points.
Ils contribuent sous le pseudo [Linux]_PYLan (classement mondial : 4476/1902257è sur 1,5 millions et francophone : 39è sur 18 000) dans l'équipe 51 : Alliance Francophone.

Ressources externes sur PYLan :

Histoire

Le projet a commencé avec un seul ordinateur et le réseau a été créé en 2005 lorsque j'ai récupéré des vieux ordinateurs sans disque dur. Je me suis alors intéressé à la possibilité de faire fonctionner Linux depuis une clé USB avec pour objectif d'obtenir un mini-cluster de calcul dédié à Folding@home. De plus amples informations sont disponibles sur cette page.

Parallèlement, je me suis intéressé au format de fichier .xyz utilisé par Folding@home pour représenter les protéines étudiées et j'ai pu générer de magnifiques images et vidéos de ces protéines grâce aux logiciels Rasmol et PYMol (voir ci-dessous).

En mai 2009, j'ai arrêté le calcul de repliement des protéines sur les machines non-compatibles avec SMP. En effet, la rentabilité (énergie consommée par WU calculée) était jugée trop peu intéressante.

J'ai donc donné les trois ordinateurs à base de processeurs AMD à 900 MHz à une association qui les restaurera et les offrira à des personnes dans le besoin. Deux autres machines ont été mises au placard.

En 2013, les machines restantes sont :

Ces deux machines sont équipées de MandrivaLinux 2011.

Progression

La première WU calculée a été retournée le 24 février 2005.

DatePointsWURang mondialRang francophoneÉvénement
2008-02-22 06:32:318878230030513 of 923773632300 WU pliées
2008-03-07 10:18:1210058233127757 of 934075571100 000 points atteints
2008-05-01 08:40:0112695343524188 of 978174496Passage dans les 500 premiers francophones
2008-06-25 18:05:2913921450024205 of 1017485474500 WU pliées
2008-10-25 20:11:5715030359828653 of 1110557519150 000 points atteints
2009-01-11 12:29:4420177671325085 of 1169173450200 000 points atteints
2009-01-31 15:29:1322759474123073 of 1180954399Passage dans les 400 premiers francophones
2009-05-05 08:14:0630187079919413 of 1231492352300 000 points atteints
2009-07-12 10:25:5838691584417729 of 1261980299Passage dans les 300 premiers francophones
2009-10-05 14:09:1250787590714966 of 1296241249500 000 points atteints
2010-02-06 23:02:05686435100012928 of 13523212171000 WU pliées
2010-05-03 21:04:59750674105212898 of 1404322220750 000 points atteints
2011-02-06 07:09:521007401119311902 of 15139952161 000 000 points atteints
2011-06-12 17:07:05133229513459527 of 1556657199Passage dans les 200 premiers francophones
2011-07-05 23:06:571503678140713656 of 15623731751 500 000 points atteints
2011-07-14 13:09:092064477155910410 of 15669581352 000 000 points atteints
2011-10-27 03:06:17300912418198060 of 15907371063 000 000 points atteints
2011-11-01 07:04:48315015418357764 of 159198799Passage dans les 100 premiers francophones
2011-12-05 15:09:49401327619816289 of 1598831814 000 000 points atteints
2011-12-10 01:07:46412683120026138 of 1599736782000 WU pliées
2012-01-31 00:09:30500975821565336 of 1610720685 000 000 points atteints
2012-05-06 06:07:33765386023823875 of 163060750Passage dans les 50 premiers francophones
2012-06-27 17:07:23907358325003405 of 1640024482500 WU pliées
2013-06-21 05:06:081503003643563002 of 16939004915 000 000 points atteints
2014-03-04 03:09:592016658049132869 of 17254384420 000 000 points atteints
2014-03-24 00:10:222115872450082773 of 1727826435000 WU pliées
2014-04-22 13:10:542259373951282667 of 173037640Passage dans les 40 premiers francophones
2017-07-12 02:08:1950000211137294440 of 18863253950 000 000 points atteints
2017-12-12 12:16:1960017029152484476 of 19022573960 000 000 points atteints

Ressources

Projet p1163_p1136_p1130_L939_K12M_35
Image générée par Rasmol :

Illustration : projet p1163_p1136_p1130_L939_K12M_35

Projet p773_vln2.8nopbc-com
Image générée par PYMol (aucun rapport avec PYLan !) :

Illustration : projet p773_vln2.8nopbc-com

Projet p3042_supervillin-03, image générée par PYMol.
Vidéo de la molécule en rotation :

Télécharger (Xvid, 2,2 Mio, 9 s)

Illustration : projet p3042_supervillin-03

Nous aider

Pour augmenter notre parc informatique, nous récupérons tout matériel informatique contenant un processeur multi-cœurs 64 bits (nécessaire pour la version Linux SMP de Folding@home) et tout don financier qui pourrait aider à l'achat d'un tel matériel.
Si vous souhaitez nous faire un don, merci de contacter l'une des adresses ci-dessous. Nous pouvons passer chez vous, surtout en Île-de-France.

NOTE : nous recherchons :
Toute machine multi-cœurs, 64 bits (oui, je sais, c'est beau de rêver !)

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