The research is going on !
Cette page est consacrée à mes activités en rapport avec le projet de calcul distribué Folding@home.
[Linux]_PYLan
Folding@home est un projet de calcul distribué lancé par l'université de Stanford aux Etats-Unis par le professeur Vijay S. Pande. Son but est de mieux comprendre le repliement (folding) des protéines. En effet, de nombreuses maladies telles que le cancer et celle d'Alzheimer sont liées à une mauvaise organisation spatiale des molécules.
La solution proposée est de se servir de la puissance inutilisée des processeurs d'ordinateurs de particuliers pour réaliser les calculs de simulation du repliement de protéines.
Ressources externes sur Folding@home :
PYLan est le nom de mon réseau local privé (LAN : Local Area Network) dont les ordinateurs travaillent pour le projet Folding@home.
Ses 2 ordinateurs ont pour l'instant traité 15248 unités de travail et récolté 60017029 points.
Ils contribuent sous le pseudo [Linux]_PYLan (classement mondial : 4476/1902257è sur 1,5 millions et francophone : 39è sur 18 000) dans l'équipe 51 : Alliance Francophone.
Ressources externes sur PYLan :
Le projet a commencé avec un seul ordinateur et le réseau a été créé en 2005 lorsque j'ai récupéré des vieux ordinateurs sans disque dur. Je me suis alors intéressé à la possibilité de faire fonctionner Linux depuis une clé USB avec pour objectif d'obtenir un mini-cluster de calcul dédié à Folding@home. De plus amples informations sont disponibles sur cette page.
Parallèlement, je me suis intéressé au format de fichier .xyz
utilisé par Folding@home pour représenter les protéines étudiées et j'ai pu générer de magnifiques images et vidéos de ces protéines grâce aux logiciels Rasmol et PYMol (voir ci-dessous).
En mai 2009, j'ai arrêté le calcul de repliement des protéines sur les machines non-compatibles avec SMP. En effet, la rentabilité (énergie consommée par WU calculée) était jugée trop peu intéressante.
J'ai donc donné les trois ordinateurs à base de processeurs AMD à 900 MHz à une association qui les restaurera et les offrira à des personnes dans le besoin. Deux autres machines ont été mises au placard.
En 2013, les machines restantes sont :
Ces deux machines sont équipées de MandrivaLinux 2011.
La première WU calculée a été retournée le 24 février 2005.
Date | Points | WU | Rang mondial | Rang francophone | Événement |
---|---|---|---|---|---|
2008-02-22 06:32:31 | 88782 | 300 | 30513 of 923773 | 632 | 300 WU pliées |
2008-03-07 10:18:12 | 100582 | 331 | 27757 of 934075 | 571 | 100 000 points atteints |
2008-05-01 08:40:01 | 126953 | 435 | 24188 of 978174 | 496 | Passage dans les 500 premiers francophones |
2008-06-25 18:05:29 | 139214 | 500 | 24205 of 1017485 | 474 | 500 WU pliées |
2008-10-25 20:11:57 | 150303 | 598 | 28653 of 1110557 | 519 | 150 000 points atteints |
2009-01-11 12:29:44 | 201776 | 713 | 25085 of 1169173 | 450 | 200 000 points atteints |
2009-01-31 15:29:13 | 227594 | 741 | 23073 of 1180954 | 399 | Passage dans les 400 premiers francophones |
2009-05-05 08:14:06 | 301870 | 799 | 19413 of 1231492 | 352 | 300 000 points atteints |
2009-07-12 10:25:58 | 386915 | 844 | 17729 of 1261980 | 299 | Passage dans les 300 premiers francophones |
2009-10-05 14:09:12 | 507875 | 907 | 14966 of 1296241 | 249 | 500 000 points atteints |
2010-02-06 23:02:05 | 686435 | 1000 | 12928 of 1352321 | 217 | 1000 WU pliées |
2010-05-03 21:04:59 | 750674 | 1052 | 12898 of 1404322 | 220 | 750 000 points atteints |
2011-02-06 07:09:52 | 1007401 | 1193 | 11902 of 1513995 | 216 | 1 000 000 points atteints |
2011-06-12 17:07:05 | 1332295 | 1345 | 9527 of 1556657 | 199 | Passage dans les 200 premiers francophones |
2011-07-05 23:06:57 | 1503678 | 1407 | 13656 of 1562373 | 175 | 1 500 000 points atteints |
2011-07-14 13:09:09 | 2064477 | 1559 | 10410 of 1566958 | 135 | 2 000 000 points atteints |
2011-10-27 03:06:17 | 3009124 | 1819 | 8060 of 1590737 | 106 | 3 000 000 points atteints |
2011-11-01 07:04:48 | 3150154 | 1835 | 7764 of 1591987 | 99 | Passage dans les 100 premiers francophones |
2011-12-05 15:09:49 | 4013276 | 1981 | 6289 of 1598831 | 81 | 4 000 000 points atteints |
2011-12-10 01:07:46 | 4126831 | 2002 | 6138 of 1599736 | 78 | 2000 WU pliées |
2012-01-31 00:09:30 | 5009758 | 2156 | 5336 of 1610720 | 68 | 5 000 000 points atteints |
2012-05-06 06:07:33 | 7653860 | 2382 | 3875 of 1630607 | 50 | Passage dans les 50 premiers francophones |
2012-06-27 17:07:23 | 9073583 | 2500 | 3405 of 1640024 | 48 | 2500 WU pliées |
2013-06-21 05:06:08 | 15030036 | 4356 | 3002 of 1693900 | 49 | 15 000 000 points atteints |
2014-03-04 03:09:59 | 20166580 | 4913 | 2869 of 1725438 | 44 | 20 000 000 points atteints |
2014-03-24 00:10:22 | 21158724 | 5008 | 2773 of 1727826 | 43 | 5000 WU pliées |
2014-04-22 13:10:54 | 22593739 | 5128 | 2667 of 1730376 | 40 | Passage dans les 40 premiers francophones |
2017-07-12 02:08:19 | 50000211 | 13729 | 4440 of 1886325 | 39 | 50 000 000 points atteints |
2017-12-12 12:16:19 | 60017029 | 15248 | 4476 of 1902257 | 39 | 60 000 000 points atteints |
2018-05-06 05:18:22 | 70114341 | 16836 | 4545 of 1918850 | 37 | 70 000 000 points atteints |
2018-06-16 10:17:54 | 73638965 | 17181 | 4477 of 1921579 | 35 | Passage dans les 35 premiers francophones |
2018-09-12 09:15:15 | 80911996 | 17889 | 4365 of 1926108 | 34 | 80 000 000 points atteints |
2019-05-03 04:15:38 | 100030769 | 19826 | 4275 of 1907397 | 35 | 100 000 000 points atteints |
2019-05-19 13:00:21 | 101303758 | 20000 | 4268 of 1909582 | 35 | 20 000 WU pliées |
Projet p1163_p1136_p1130_L939_K12M_35
Image générée par Rasmol : |
|
---|---|
Projet p773_vln2.8nopbc-com
Image générée par PYMol (aucun rapport avec PYLan !) : |
|
Projet p3042_supervillin-03, image générée par PYMol.
Vidéo de la molécule en rotation : Télécharger (Xvid, 2,2 Mio, 9 s) |
Pour augmenter notre parc informatique, nous récupérons tout matériel informatique contenant un processeur multi-cœurs 64 bits (nécessaire pour la version Linux SMP de Folding@home) et tout don financier qui pourrait aider à l'achat d'un tel matériel.
Si vous souhaitez nous faire un don, merci de contacter l'une des adresses ci-dessous. Nous pouvons passer chez vous, surtout en Île-de-France.
NOTE : nous recherchons :
De vieux boîtiers Shuttle. Des cartes-mères et processeurs Ryzen (socket AM4 ou TR4).
Pour plus de renseignements sur PYLan ou si vous avez des suggestions, solutions ou dons à apporter, vous pouvez écrire à :
peter (dot) potrowl (at) gmail (dot) com